В мае 1944 года по заданию Центра во главе группы из 28 человек совершил переход в Польшу, имея задачу организации разведки расположения и передвижения противника в районе города Кракова. Благодаря хорошему знанию польского языка и культуры местного населения, а также своим организаторским способностям, Алексей Ботян сумел организовать взаимодействие и совместные боевые операции с такими разными политическими силами, как части Армии Крайовой, Армии Людовой и крестьянскими Батальонами Хлопскими.
Под его руководством была проведена операция по захвату совместно с подразделениями Армии Людовой города Илжа, в ходе которой из тюрьмы были освобождены арестованные польские патриоты, захвачено большое количество оружия и снаряжения. В настоящее время в городе Илжа установлен памятник героям этого боя, на котором вместе с именами поляков выбиты имена и советских бойцов группы А. Н. Ботяна.